La fortificación de San Marcos es un ejemplo de evolución en el diseño y técnicas constructivas defensivas que abarca desde, al menos, el siglo XIV al XVIII, siendo cada una de ellas identificables debido al proceso de superposición y adosamiento de estructuras que no han ido destruyendo las precedentes. Se trata de la fortificación más importante de la raya de Huelva, en estrecha relación física y cultural con su oponente portuguesa.

La planta y disposición de estructuras de esta fortificación se desarrollan entre los siglos XIV al XIX, obedeciendo su configuración actual al proceso edificatorio de la primera mitad del siglo XVI con adiciones de los s. XVII y XVIII. El análisis morfológico revela que se trata de una fortificación de transición entre las estructuras defensivas medievales y las características de la Edad Moderna, en la que destacan cinco fases constructivas diferenciadas